Ученые сопоставляют тексты, проверяют правильность предложенных чтений, ищут доказательства тому, что данное письмо можно расшифровать только этим способом, а не каким-либо иным. И почти всегда возникает полемика о том, насколько верна дешифровка. Одни ученые признают ее полностью, другие вносят существенные коррективы, третьи категорически отрицают ее правильность, четвертые предпочитают не спешить с окончательным приговором. Так было с расшифровкой линейного письма B, сделанной Майклом Вентрисом, расшифровкой карийского письма, предпринятой советским ученым В. В. Шеворошкиным, так было с расшифровкой клинописных надписей Двуречья и иероглифов индейцев майя. Полемику вызвала и расшифровка египетских иероглифов. Но, к сожалению, в этой полемике научные интересы очень часто отходили на задний план. И реальной причиной критики Шампольона оказывалось не желание найти истину, а уязвленное самолюбие исследователей («почему Шампольон, а не я, такой-то и такой-то?»), и ложный патриотизм («почему француз Шампольон, а не англичанин Юнг?»), и консерватизм («почему Шампольон отвергает мнение предшественников считавших иероглифы символами, а не алфавитным письмом?»), и, наконец, чисто политические мотивы (и правоверные католики, и ярые монархисты не могли признать, что ключ к загадке сфинкса нашел «бунтовщик» Шампольон, за свои революционные взгляды прозванный «Робеспьером из Гренобля»). Вокруг открытия Шампольона, говоря словами одного из египтологов, поднялся «многоголосый вой».

В английской печати появилось множество статей, косвенно, а порой и прямо обвинявших гениального французского ученого в плагиате. Так, в анонимной статье, вышедшей вскоре после публикации «Письма г. Дасье», утверждалось, что «алфавитные» знаки не могут передавать собственно египетские слова, а служат лишь для передачи греко-римских имен. Стало быть, никакого открытия Шампольон не сделал, а греко-римские имена, прочтенные им, были еще до этого прочтены Томасом Юнгом. Сам Юнг выступил в 1823 году со статьей, имевшей знаменательное название: «Сообщение о некоторых новых открытиях в области иероглифической литературы и египетских древностей, с приложением подлинного алфавита автора, дополненного Шампольоном». Иными словами, английский ученый считал себя первооткрывателем, а Шампольону отводил второстепенную роль, роль последователя и дополнителя.